In einer ersten Stufe wird dabei das Uran weitestgehend durch Sorptionsprozesse aus dem Grubenwasser entfernt und einer Verwertung zugeführt. In der zweiten Stufe der Wasserbehandlung werden die restlichen Schadstoffe, wie Radium, restliches Uran und Schwermetalle mittels Kalk-Fällungsverfahren aus dem Wasser entfernt. Nach dem Absetzen der Feststoffe im Eindicker und der Klärung des behandelten Wassers in einem Klarwasserschönungsbecken wird dieses in die Elbe eingeleitet. Die entwässerten Rückstände werden in die Halde Schüsselgrund so eingebaut, dass von ihnen keine Gefährdung für Mensch und Umwelt ausgehen kann.
Die AAF Königstein kann ca. 650 m³/h kontaminiertes Wasser behandeln. Mit der Inbetriebnahme der Förderbohrlöcher zur Hebung des Flutungswassers aus der Grube wird die Anlage weiterhin zur Behandlung des Flutungswassers eingesetzt.