In der Anlage werden Uran, Radium und Schwermetalle mittels Kalk-Fällungsverfahren aus dem Wasser entfernt. Nach dem Absetzen der Feststoffe im Eindicker und der Klärung des behandelten Wassers in einem Klarwasserschönungsbecken wird dieses in die Elbe eingeleitet. Die entwässerten Rückstände werden in den Sondereinlagerungsbereich der Abfallentsorgungseinrichtung Halde Schüsselgrund so eingebaut, dass von ihnen keine Gefährdung für Mensch und Umwelt ausgehen kann.
Die AAF Königstein kann bis zu 650 m³/h kontaminiertes Wasser behandeln. Mit der Inbetriebnahme der Förderbohrlöcher zur Hebung des Flutungswassers aus der Grube wird die Anlage weiterhin zur Behandlung des Flutungswassers eingesetzt.
Auf Grund der gegenwärtigen Genehmigungssituation wird auf unbestimmte Zeit die Behandlung von Flutungswasser in gleicher Größenordnung wie bisher erforderlich bleiben.